ساختار تشکیلاتی سال 1401 ه.ش
بر اساس طرح تشکیل 1401، اداره خط آهن افغانستان دارای سقف تشکیلاتی 375 بست بوده که از جمله 175 بست آن در مرکز و متباقی آن مربوط به واحدهای دومی این اداره در ولایات است.
اداره خط آهن افغانستان دارای یک مرکزیت و واحدهای دومی در ولایت‌های بلخ (ریاست خط آهن بلخ)، هرات (ریاست خط آهن هرات)، فاریاب (ریاست خط آهن فاریاب) و کندهار (آمریت خط آهن کندهار) می‌باشد.
رهبری اداره خط آهن افغانستان متشکل از رییس عمومی اداره (بست خارج رتبه)، معاون تخنیکی (بست فوق رتبه)، معاون مالی و اداری (بست فوق رتبه) است.